2006年，为配合NDS版（钻石、珍珠版）的上市，TV动画同步推出全新系列《神奇宝贝钻石&珍珠》（PokémonDiamond&Pearl，简称DP）。对战开拓区篇结束后，小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小胜回到了橙华道馆，小刚也回家去了。小智则受到了小茂的激励，独自带着皮卡丘和偷渡的长尾怪手前往神奥地区挑战联盟。　　新登场的女主角小光，其蓝本取自电玩NDS版。为...

　　持续在世界各地进行修业之旅的小智（松本梨香配音）、小刚（うえだゆうじ配音）和小光（豊口めぐみ配音），历经长途跋涉终于来到了位于山谷丘陵处的目的地阿拉莫斯镇。小镇上耸立着象征时间与空间的时光之塔，新一轮的神奇宝贝竞赛将在塔的下方举行。小智一行走错了路，却由此结识当地的美丽女孩艾丽丝（加藤ローサ配音）。紧张的战斗与快乐的游玩，却未察觉危险正悄悄逼进。小智遭到噩梦精灵达库莱伊的袭击，虽然达库莱伊被当...

　　以成为神奇宝贝大师为目标，小智（松本梨香配音）、小刚（うえだゆうじ配音）和小光（豊口めぐみ配音）带着各自的神奇宝贝在世界各地进行艰苦的修业之旅，今天他们历经长途跋涉终于来到了风景秀美的米琪亚镇。在当地一对小兄妹的介绍下，小智一行前往神殿遗址游玩。谁知却遭遇了极其危险的情况。关键时刻，掌管时间的迪亚鲁加和守卫神殿的西娜（北乃きい配音）、凯宾（岸祐二配音）帮助了他们，能与神奇宝贝心灵沟通的西娜还熄...

　　在风景秀丽，气候宜人的王冠市，即将举行神奇宝贝足篮世界杯比赛，届时，大批的观众和训练师会涌入此处，整个城市将会陷入一片欢乐的海洋之中。小智（松本梨香配音）一行人正在前往王冠市的路上，旅途中，他们遇见了名为索罗亚的神秘神奇宝贝，它不仅能够幻化成人类的姿态，还能够通过心电感应和人类交流。　　小智和索罗亚结伴前行，哪知道王冠市竟然发生了神奇宝贝暴动事件，雷公、炎帝和水君本是城市的守护神，却不知为何向...

　　小美和父亲史诺顿博士在绿色原野过着相依为命的生活。某日，博士在偶然之中得到了一块神秘的木刻板，并因此惹祸上身下落不明，留下小美一人过着孤单的生活。小美于无意之中在木刻板上排列的文字，竟然幻化成为了强大的“未知图腾”，为了抚慰小美孤单的心灵，未知图腾制造了美满的幻境令小美深陷其中，随着时间的推移，小美曾经的家被结晶包围，成为了一座结晶塔，而小美的心也渐渐变为冰冷的结晶。　　为了满足小美“想要妈妈...

　　被人类用基因技术克隆出来的最强宠物小精灵超梦（市村正亲配音）带着对自我身份的疑惑和对人类强大的愤怒逃离了科研所，它宣布要对制造出自己的人类进行复仇。　　已经得到了八个勋章的小智（松本梨香配音），以成为宠物小精灵训练大师为目标而不断的旅行，他带着皮卡丘（大谷育江配音）和同伴小霞（饭冢雅弓配音）小刚（上田佑司配音）刚结束了和训练家的对战，接着收到了一封神秘人的邀请函，邀请他们参加世上最强的小精灵训...

　　阳光明媚的一天，盛大的B级美食嘉年华在春日部市召开，野原新之助（矢岛晶子配音）看到新闻后兴奋非常，于是和樱田妮妮、风间彻、代全林、佐藤正男等好朋友们商定，偷偷前往嘉年华大饱口福。与此同时，B级美食嘉年华举行的消息也传到所谓的A级美食机构。该机构最高负责人满美食大人（中村悠一配音）对B级食物充满鄙夷，他决定彻底摧毁这些下等吃食。未久，A级美食的飞船飞临嘉年华，对底层料理手艺人进行无情驱逐。为了挽...

　　某天，小新（矢島晶子配音）闲逛的时候捡到一个动感超人的面具，戴上面具后，小新发现自己竟然能和动感超人通话。他被任命为代表正义的动感间谍，专门与邪恶势力作战，并且见到了他的搭档——7岁女孩苏诺萌·柠檬（愛河里花子配音）。在柠檬的带领下，小新开始作为动感间谍的艰苦训练。在这一过程中，面向凶恶的怪大叔不断偷袭小新，而在这一系列事件背后，似乎又隐藏着两个神秘的国家——无声屁共和国与不放屁王国。看似善良...

　　小新一家去冲绳旅行，本来是平凡的一天，然而小新的宠物小白却突然沾上了一枚威力强大的炸弹！这个炸弹是被奇异的外星生物“屁股星人”遗留下来的，其力量足以毁掉整个地球。全球65亿人的注意力都集中在了一只小狗身上！面对来自宇宙监视中心和美女恐怖集团白黑两道对小白的争夺，小新挺身而出誓死保护小白！...

　　某日，小新（矢岛晶子配音）在街上遇见了一只黑色的小狗，因为它和小白犹如一个模子里刻出来一般相像，小新将它取名“小黑”，带回了家。之后，一位名叫普莉林的美丽女子出现在小新的面前，普莉林告诉小新，他是被选中的勇者，黑暗世界库莱顿的大门已经打开，若小新再不行动，整个世界就将要被卷入阴谋和毁灭之中。　　果不其然，美伢（楢桥美纪配音）和广志（藤原启治配音）接连遭遇不幸，这说明，黑暗的力量变得越来越强大，...