深夜三时正，睡梦中的小朋友被一阵笛声吸引，起来走到屋外，边唱著"三时之妖精"，边循笛声来到飞船上，待船上载满小朋友后，吹笛的妖精便把飞船驶向天上。　　一日，内部战士们聚集在真琴家中，学弄曲奇饼。三时了，真琴家中的报时钟响起，一只小鸟弹出叫了三下，真琴於是对众人说起三时之妖精的故事。　　豆钉兔拿著她弄的曲奇走到街上，遇到一位美少年。二人谈得很投契，互相自我介绍，那位美少年名叫...

　　某日，一块神奇的结晶体现身地球，被科学家宇宙翔拾得。与此同时，露娜和亚特密斯大吵了一架之后离家出走，却因病体力不支昏倒在了路上，宇宙翔将虚弱的露娜带回了家，精心照料，露娜渐渐恢复了活力。　　让大家没有想到的是，那块神秘结晶体的本尊，竟然是想要侵略地球的月亮雪公主，现出真身之后，月亮雪公主即刻召集了爪牙，展开了破坏行动。为了对抗邪恶的月亮雪公主，水手服战士们全体出动，然而月亮雪公主用自己的力量使...

　　某日，小新（矢岛晶子配音）、小葵和美伢（楢桥美纪配音）被一群神秘人物绑架，醒来之后发现身处一间神秘的基地之内，原来，这里是名为“温泉G组”的秘密组织，意在保护对于日本来说十分珍贵的温泉。然而，横空出世的污垢达人博士（家弓家正配音）企图利用“地球温泉计划”将温泉G组彻底击垮。　　唯一能够阻止污垢达人博士的阴谋的，就只有仅存在于传说之中的“黄金之魂温泉”，而组员们经过调查，发现该温泉正好处于小新他...

　　某日，小新（矢岛晶子配音）在街上遇见了一只黑色的小狗，因为它和小白犹如一个模子里刻出来一般相像，小新将它取名“小黑”，带回了家。之后，一位名叫普莉林的美丽女子出现在小新的面前，普莉林告诉小新，他是被选中的勇者，黑暗世界库莱顿的大门已经打开，若小新再不行动，整个世界就将要被卷入阴谋和毁灭之中。　　果不其然，美伢（楢桥美纪配音）和广志（藤原启治配音）接连遭遇不幸，这说明，黑暗的力量变得越来越强大，...

　　某日，双叶幼稚园的孩子们正在船屋里愉快的玩耍，一位名叫美色（三石琴乃配音）的神秘人物忽然现身，紧接着，一艘巨大的飞船将船屋整个抓了起来，来不及逃跑的风间（真柴摩利配音）和小新（矢岛晶子配音）等人和飞船一起消失在了空中。　　小新的失踪令美伢（楢桥美纪配音）和广志（藤原启治配音）感到十分焦急，就在此时，一名代号肌肉（玄田哲章配音）的男子出现在了两人的身边，很显然，肌肉知道小新的下落和整件事情的来龙...

　　大件事！小新一家變成全國通輯犯！　　在少年警訊的「野原家成魔之路特輯」中透露，小新一家正與邪惡勢力「獎鬥人」進行「秘密東西」交易。據小新的好朋友正男(別號：「無間正男」)所說，自從美冴媽媽縮減早餐改買「特級烤肉」晚餐的那一刻開始，他們一家就變了，爸爸變成「臭狐戰士」，媽媽化成「電波少女」，小新聯同妹妹小葵、小狗小白組成「搗蛋兵團」。另據警方線人指出小新一家正合力避開警民耳目，潛入獎門人的總部。...

　　因为一块布丁，野原新之助（矢岛晶子配音）和妹妹向日葵（こおろぎさとみ配音）激烈争吵，身为哥哥他自然受到爸爸广志（藤原啓治配音）和妈妈美伢（ならはしみき配音）的训斥。小新恼羞成怒，扬言“不要当哥哥！不要妹妹了！”就在此刻，一胖一瘦两个绿衣人出现，声称愿意将小葵收养，以向日葵公主的身份展开新的生活。一道刺眼强光过后，签订了协议的野原一家被吸入UFO，开始了吉凶未卜的宇宙旅行。　　从向日葵星国王口中...

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　　动感超人的动感石头被泳装魔王抢走了，因而无法回到原来的世界，于是指派小新一家人成为动感战士前往另一个世界，这时另一个世界的人纷纷被变成泳装人，小新听了莉莉和博士的说明后，决定协助动感超人克服危机，他和动感超人能打败魔王挽救地球的和平吗......

　　这天在小新居住的春日部附近，突然新开了一家叫“20世纪博”的游乐园。游乐园里到处播放着从前20世纪的旧的电视节目和电影，这里，一切都是从前时光的回放。每一个到了这里的大人，都沉浸在过去的旧时光里，而对小孩子来说，这些的东西一点意思都没有。令小新万万想不到的是，进入了游乐园的爸爸妈妈都不在理会其他事情，只是一直沉醉在以往的时光里。城里的大人们都进去了，只剩下了小孩子！这到底是谁的阴谋，小新他们能...